Tout commence dans une forêt paisible mais bientôt loin de l'être. Célébi, le Pokémon légendaire 251 est poursuivi par un Démolosse et Insécateur. Célébi parvient à s'échapper mais est bientôt à bout de force. Samuel, un jeune dresseur Pokémon et aussi un artiste est sur le point d'arriver vers cette forêt étrange. Il arrive devant l'entrée où Towa une jeune femme qui lui avertit de l'appel de la forêt et pourrait le transférer dans un autre temps. Alors Samuel est très prudent et prend en garde toute sa responsabilité. Il continue alors son chemin et commence à dessiner quelques Jolliflor. Et il entend de peu loin une poursuite infernal, et curieux d'aller voir empêche les 2 Pokémon de faire du mal à Célébi. Le motard vient alors voir Samuel de ne pas s'en préoccuper. Mais Samuel s'en fiche complètement et demande de cesser mais rien à faire, alors il décide de fuir à ce désastre et arrive près d'un autel et au même moment, Célébi crie pour faire bouger les arbres, alors qu'il tombe, tous deux sont aspirés par l'autel. 40 ans se sont écoulés, et le vieux motard est à présent lui aussi mis à question par Bisashu, un membre de la Team Rocket mais le motard refuse d'obéir. Alors Bisashu veut lui montrer sa puissance et libère un Tyranocif inoffensif pour lui faire rentrer dans une Dark Ball. Alors que ce Pokémon est entré dans la Pokéball, Bisashu demande de ressortir afin de montrer sa valeur. Tyranocif commence à tout dévaster et le motard se montre enfin plus raisonnable en lui suppliant. D'un autre côté, notre jeune dresseur Sacha est en combat, mais Pierre et Ondine l'attend sur le ferry qui va bientôt partir. Pierre appelle alors Nostenfer pour lui demander d'aller chercher Sacha. Alors que Sacha est en plein combat, il part tout de suite vers le ferry et arrive de justesse. Alors que le ferry est déjà parti, Sacha tente de sauter par le bord du quai pour tenter de s'accrocher à son ami Pierre qui est déjà sur le ferry maisce dernier est rattrapé par un jeune monsieur du nom de Mr. White. Nos amis sont sur le ferry et doivent continuer leur route. Pikachu aperçoit alors un Pokémon étrange brilland aux mille lueurs. A l'arrivée, nos amis interrogent le professeur Chen et ce dernier raconte les légendes sur ce Pokémon du nom de Suicune. Mais rien d'autres à dire, ils quittent la conversation pour repartir. Nos amis et Monsieur White se dirigent maintenant vers la forêt grâce au bateau de ce dernier. Alors que la Team Rocket aperçoivent nos amis du ciel et est emporté par le vent à cause des caprices de Jessie. Ils arrivent après tout vers le village et ils rencontrent une vieille dame sur leur chemin. Sacha voudrait aller plus loin dans la forêt, mais la vieille dame les met en garde du danger de " l'appel de la forêt " qui pourrait les transporter dans un autre temps. Une jeune fille, de nom de Miku apparaît plus loin. C'est la fille de la vieille dame et Pierre en tombe immédiatement amoureux. Nos amis continuent sans trop se méfier. Un peu plus tard, les arbres commencent à briller et bouger, nos amis aperçoivent une lueur éblouissante jaillir de l'autel de la forêt. Nos amis courent voir et recueillent un jeune garçon évanoui. Célébi est déjà loin, il est parti se cacher. Nos amis ramènent ce garçon Samuel et quand ce dernier reprend conscience, la vieille dame le voit, elle le reconnaît immédiatement. En effet, il y a 40 ans, elle était la jeune femme qui lui avait donné un morceau de pain, juste avant de passer de l'autre côté de la forêt. Mis à part tout cela, nos amis se présentent et Samuel le dit qu'il faut chercher Célébi avant qu'il ne soit retrouvé. Alors nos amis partent à la recherche de Célébi. Sacha et Samuel grimpent alors un gros tronc d'arbre afin d'arriver vers la cachette de Célébi. Nos amis essaient de convaincre Célébi et y arrivent grâce à leur amitié. Nos amis doivent alors le ramener vers le centre Pokémon mais sont interpellé par une grosse araignée mécanique, qui est contrôlé par Bisashu, le terrible dresseur de la Team Rocket. Alors que ce dernier est perturbé par le Brouillard de Smogogo de James, il accepte Jessie et James à bord. Après une terrible explosion, Ondine est blessée à la jambe, ils doivent ralentir le rythme et sont bientôt poursuivis par un Cisayox et Farfurret envoyés par Bisashu. Un combat a lieu et est fini en beauté. Un peu plus tard, les Pokémon de la forêt les emmènent vers une source qui semblerait pouvoir guérir les blessures de Célébi. En effet, Célébi se régénère aussitôt laché dans le fond de la source. Célébi les remercie, Sacha et Samuel se mettent à le suivre dans l'eau et sont ensuite propulsés hors de l'eau pour voler dans les airs. Après ce petit voyage, Célébi est aussi parvenu à guérir le genou de Ondine. Ils reprennent alors le voyage et doivent passer la nuit dans la forêt avant de reprendre route. Cette nuit toute une histoire d'amitié entre Sacha et Samuel, et ils s'amusent avec Célébi. Le lendemain reprend et sont retrouvés Bisashu. Cette fois-ci Célébi a été capturé dans la Dark Ball malgré les interventions de Sacha contre Bisashu. Bisashu appelle alors Dark Célébi pour créer un gros tourbillon qui rassemble les sources d'énergie pour créer un monstre de branches. Suicune ressent un déséquilibre et court vers le lieu de la catastrophe. Jessie aspiré par le tourbillon demande à Bisashu d'arrêter et de donner le Pokémon au boss mais Bisashu se croit à présent invincible et refuse de donner le Pokémon. Suicune arrive, Samuel et Sacha montent sur le dos de Suicune pour atteindre Célébi qui contrôle à l'intérieur du monstre. Bisashu envoie aussitôt Tyranocif pour empêcher Suicune d'y arriver. Pierre envoie Onix et après quelques coups par Suicune, Onix envoie Tyranocif dans la source. Bisashu ordonne à Célébi d'arrêter Suicune et les capture prisonnier. Sacha et Samuel crient fort pour remettre les esprits de Célébi. Peu après Sacha et Samuel arrivent à l'intérieur du monstre, grâce à Jessie. Et après un bon moment de souvenirs, Célébi reprend ses esprits, la Dark Ball explose. Et le monstre s'écroule dans le lac, Bisashu ne peut plus tenir, et nos amis récupèrent Célébi. Mais Célébi a dépensé énormément d'énergie, sa forme est devenue pourrie. Tout le monde demande à Sacha de mettre Célébi dans l'eau de la source mais rien à faire, ni même pour Sacha qui essaie de nourrir Célébi de baies rouges préférés. Alors que tout espoir est perdu, une bande de Célébi venus des autres temps viennent guérir Célébi. Célébi est revenu à la vie mais Bisashu encore têtu de capturer ce Pokémon l'emmène vers le ciel mais Sacha accroché à Bisashu l'empêche de faire quoi que ce soit. Et Célébi ramène Sacha sain et sauf à terre, alors que Bisashu est propulsé loin de la forêt, tout entouré de Pokémon et de la vieille dame, Miku et Mr. White. Nos amis remercient énormément l'aide de Suicune, qui ce dernier doit partir. Sacha doit faire ses adieus à Samuel, et ils n'oublieront jamais cette amité, malgré leur temps dimensionnel différent. A la fin des crédits, Jackie parvient à fouiller un carnet portant les mêmes dessins que Samuel, il s'avère que le petit garçon est le professeur Chen il y a 40 ans !! LE CACHE CACHE DE PIKACHU Nos amis arrivent près d'une résidence placée près du bord de la mer. Comme d'habitude, nos amis laissent leur Pokémon s'amuser. Ils font alors connaissance avec d'autres Pokémon tel que le Kecleon. En s'amusant, ils trouvent le plaisir de s'installer près d'un labyrinthe de haies, afin de jouer à cache-cache. Un des Pokémon ne semble pas vouloir partager ce loisir. Il met accidentellement en marche une tondeuse à gazon. Nos amis sont alors poursuivis par cet horrible machine à tout raser sur son chemin. Alors une fantaise s'installe tout autour et iront de tout leur plein gré, savoir comment arrêter cette machine.